La construction de la base sous-marine allemande de La Pallice débute en avril 1941. Les travaux s'effectuent jour et nuit. Pour rendre l'édifice invulnérable aux bombardements, les Allemands le couvrent d'une dalle de béton et d'acier d'une épaisseur moyenne de 3,5 m.
En novembre 1941, la première tranche des travaux est terminée. Le U-bunker permet de loger 4 U-boots dans 2 bassins à flot, et 5 autres dans les 5 docks asséchables.
En août 1944 le U-bunker est exposé à des attaques aériennes répétées et est directement touché par 6 grosses bombes du type « Tallboy » de la Royal Air Force. La toiture supérieure subit des dégâts importants, mais les bombes n'atteignent aucun U-Boot...
Durant l'été 1944, selon les directives d'Hitler et face à l'avance des forces alliées en territoire français, les bases sous-marines sont transformées en « Festungen » (Forteresses). Les unités nazies, s'appuyant les fortifications du Mur de l'Atlantique résistent obstinément aux assauts des troupes alliées. Il faudra attendre le printemps 1945 pour que les forces françaises prennent d'assaut Royan et l'île d'Oléron, fin avril 1945. Mais les troupes allemandes de La Rochelle et de l'île de Ré vont tenir jusqu'à la reddition du 8 mai 1945...